Северный флотский военный суд  распространяет свою юрисдикцию на воинские части и учреждения Вооруженных Сил Российской Федерации, других войск, воинских формирований и органов, дислоцированные на территории Мурманской, Архангельской областей и Ненецкого автономного округа.

В пределах своей компетенции Северный флотский военный суд:

- рассматривает в первой инстанции гражданские и административные дела, связанные с государственной тайной, уголовные дела, отнесенные к компетенции данного военного суда Уголовно-процессуальным кодексом Российской Федерации, и дела по административным исковым заявлениям о присуждении компенсации за нарушение права на судопроизводство в разумный срок или права на исполнение судебного акта в разумный срок по делам, подсудным гарнизонным военным судам.

- в пределах, установленных Федеральным конституционным законом "О военных судах Российской Федерации", рассматривает дела по жалобам и представлениям на решения, приговоры, определения и постановления гарнизонных военных судов, принятые ими в первой инстанции и не вступившие в законную силу.

Северный флотский военный суд является судом второй инстанции по отношению к подведомственным гарнизонным военным судам: Архангельскому, Гаджиевскому, Заозерскому, Мирненскому, Мурманскому, Полярнинскому, Северодвинскому и Североморскому.

Помимо рассмотрения дел им проводится большая работа по изучению, анализу и совершенствованию судебной практики. Это подготовка методических рекомендаций, обзоров, справок, информационных писем, целевые и комплексные выезды в гарнизонные военные суды, проведение стажировок. В целях совершенствования деятельности ежегодно организуются учебно-методические сборы, судьям гарнизонных военных судов постоянно оказывается методическая и практическая помощь.

Проводя независимую и подчиненную только закону деятельность по отправлению правосудия, Северный флотский военный суд и подведомственные ему гарнизонные военные суды осуществляют большую праворазъяснительную работу и оказывают содействие командирам и начальникам в работе по предупреждению правонарушений и правовому воспитанию военнослужащих, регулярно информируют командование Северного флота, его соединений, частей (кораблей), других войск и воинских формирований по вопросам судебной практики.